Apesar de a primeira vista não parecer, os recursos recebidos por meio dos Contratos de Gestão e Termos de Colaboração não pertencem ao Instituto Cisne, são recursos públicos, utilizados exclusivamente para a gestão dos respectivos contratos (Unidades de Pronto Atendimento - UPAs, Centros de Diagnósticos, Residências Inclusivas, Estratégias de Saúde da Família - ESFs, Unidades de Atenção Primária à Saúde - UAPS e Centros de Convivência Infantil), ou seja, esses recursos não podem ser utilizados pela instituição para custear suas despesas com os atendimentos diários e ininterruptos das pessoas com deficiência abrigadas em sua matriz (Centro de Convivência Terapêutica e Residência), em Carapicuíba-SP (90% encaminhadas pelo Ministério Público).

Por esse motivo, para garantir o atendimento dessas pessoas, com recursos próprios, realiza bazares, eventos (almoços e jantares) e bingos beneficentes, além de contar com o apoio de pessoas e empresas que acreditam e confiam no nosso trabalho de mais de 35 anos.